Je suis dans la même situation, enceinte, en arrêt et licenciemen ce mois ci car place en crèche à la rentrée, ils n'ont pas le droit, c'est dans le code du travail, après c'est ton droit d'accepter.
Si j'ai bien compris, il faut faire un calcul au réel pour chaque mois travaillé et qui comprend bien une régularisation des CP et n'oublié pas l'indemnité de licenciement qu'ils te doivent.
Un lien qui explique tout
ici