La prise de congés payés quand on n'est pas à temps plein ne fonctionne pas par jour pris.
Par exemple : si elle travaille lundi, mardi, jeudi, vendredi et qu'elle poste jeudi + vendredi, il faut lui déduire 3 jours (jeudi, vendredi, samedi) : du premier jour ouvrable habituellement travaillé au dernier jour ouvrable non travaillé qui précède le jour de reprise, même s'il s'agit d'un jour non travaillé habituellement.
Une assistante maternelle peut avoir 30 jours ouvrables de CP par an. Si elle pose comme vous le dites, elle en a forcément plus, or, elle ne les a pas acquis. Recomptez donc les CP qu'elle a posé selon la méthode correcte, vous verrez s'il en reste à rémunérer. Mais en année complète, normalement ils sont compris dans la mensualisation.
Pour l'année complète, c'est normal. Une année complète, c'est 45 semaines travaillées + 5 semaines de CP (= 52 semaines par an), inclus dans la mensualisation.
Pour une année incomplète, il faut que le nombre de semaines travaillées soit de 44 ou moins.
Concernant les jours enfants malades, normalement le contrat de travail précise combien de jours vous avez le droit de déduire, certificat médical à l'appui. Certaines assistantes maternelles "oublient" ce paragraphe, c'est bien pour cela qu'il faut absolument se renseigner et lire la convention collective (et en théorie, celui qui fournit le contrat de travail, c'est l'employeur, pas le salarié... et celui de pajemploi est nul). Bref, dans les faits, les parents ne savent pas :/
Faites-vous aider par la Fepem si vous avez des doutes ou des difficultés, ils sont là pour ça (contrairement au RAM, j'insiste).